2000年8月，院机关进行机构调整和人员竞争上岗。处级机构从21个精简到14个，机关干部实行教育职员制，人员从260人精简到128人。2001年，院系机构进行调整，全院设立10个院系级单位。
2001年5月，医院首度召开财经工作会议，提出建章立制、规范管理，建立完善、高效、有序的医院经济运行机制的目标。
2004年，提出建设“学习型医院”，推行“人人岗位责任制”。
2005年，按照卫生部的部署，深入开展“医院管理年”活动。
2008年提出建设“两型医院”，即医疗资源节约型和人文环境友好型医院。
2008年汶川大地震之后，同济医院抗震救灾医疗队火速赶赴地震灾区，奋战14天，救治了大批伤病员。收治了从四川转运来的42名伤病员全部康复出院，帮助失忆的“什邡小子”找到了地震中失去的亲人，实现了零感染、零死亡、零截肢的治疗目标。
2009年，第二次获得全国文明单位。
2010年，为感动中国人物——“暴走妈妈”陈玉蓉母子免费施行肝移植术，同年12月，44家湖北省内有影响力的医院成立了武汉城市圈同济医院联盟。
2011年，同济医院获全国临床技能大赛金奖。
2012，第三次获得全国文明单位。