临床学院共有13个教研室和2个设备齐全的教学实验中心，包括外科学与外总、内科学与诊断学、妇产科学、儿科学、神经精神病学、传染病学、眼科学、耳鼻咽喉科学、口腔科学、皮肤性病学、中医学、老年医学、康复医学教研室，和诊断学、基本外科教学实验中心。
近3年来，获得省部级科研成果8项，市厅级成果27项。厅级新技术引进奖22项，市级新技术引进奖31项。国家级课题6项，省部级课题12项，市厅级课题46项。获省级教学成果奖2项，获国家级优秀教材奖1项，制作完成并由人民卫生出版出版发行多媒体视听教材2部，获全国高校多媒体课件比赛优秀奖1项，省级优秀课程群1个（医学影像学课程群），诊断学教学实验中心2005年批准成为“江苏省高校基础课实验教学示范中心建设点”。在省级以上刊物发表的论文总数746篇。