在科研中，王建华教授除强调中医理论的指导作用外，还十分重视运用现代科学技术的手段，进行多学科的渗透研究。在70年代末期，王建华教授所领导的研究小组曾用简单的胃肠电记录仪观察脾胃病患者的胃肠运动状况，并发现脾虚患者的胃电波幅较肝胃不和患者及正常人低，但由于实验结果均用手工测量而存在很大误差，为此王建华教授带领科技人员与中山大学电子系合作，经过艰苦努力，首次开发出了“微电脑胃电检测分析仪”，使胃电测量实现了自动分析，这项成果在全国多家医疗单位推广，并获得1986年卫生部重大科技成果乙等奖。在他的带领下，脾胃研究所对胃肠运动方面还进行了深入的研究。
从唾液淀粉酶活性比值，到多指标合参，到胃肠动力的研究，王建华教授走过了一条不平坦的路，然而却是一条成功的路。王建华教授并没有就此止步，在近年，除进行脾虚本质的研究的同时，王建华教授又带领全所人员走上了脾胃虚实证研究的道路，使脾胃学说的研究更全面、更深入。
王建华教授不但专心中西医结合脾胃学说的研究，也非常重视中药药理的研究。他早期的研究多以分析方法为主，在深入开展脾胃学说研究中，他认识到中药药理的研究不能单纯是分析模式，而必须结合中医理论的特点，从整体方面去进行研究，从而提出了中药整体药理学的观点，首倡中药复方的药理研究，并且为中药复方的药理研究摇旗呐喊，使得中药复方的药理研究从无到有，不断壮大，走到了今天的繁荣。王建华教授及其合作者，结合脾胃学说研究的成果，对四君子场、补中益气场以及健脾、化瘀、清热法则方药等在不同的层次进行了广泛深入的研究，其中“补中益气汤对消化功能活动的调整作用研究”获1994年国家中医药管理局中医药科技进步三等奖。目前，中药药理界已经普遍认识到复方药理研究的重要性，这一研究方向已经被纳入国家重点科研招标中去，相信不久的将来，复方的药理研究定会取得更丰硕的成果。