安徽中医学院第一附属医院肛肠外科成立于1960年，目前开放床位45张。经过多年的发展已成为集医疗、科研和教学三位一体的具有省内领先水平的专业化科室。目前科室为安徽省中医药学会肛肠专业委员会挂牌单位、省级重点中医专科标准的科室，并且是安徽省技术力量最强大的肛肠外科。科室拥有专业人才梯队：主任医师2人，副主任医师1人，主治医师4人，医学硕士4人。
肛肠科检查治疗设备先进，配备齐全，现有大力神全电脑肛肠手术综合治疗仪、坐浴熏洗仪、肛肠测压仪、微波痔疮治疗仪、双孔冷光源检查仪、二氧化碳激光治疗仪、电子直肠乙状结肠镜、直肠腔内B超、红光理疗仪、磁热腔内理疗仪、腹腔镜等先进设备，医院还配有64排螺旋CT、磁共振（MRI）、电子结肠镜、X光机（CR、DR）、肛肠盆底肌电图等大型设备。
肛肠科在肛门大肠疾病治疗方面经过多年发展已经达到国内先进、省内领先水平。目前对环状混合痔、高位复杂性肛瘘、各种便秘、慢性非特异性溃疡性结肠炎、结直肠肿瘤等疑难病的治疗有新的突破，其中混合痔吻合器环切术（PPH）及 痔上黏膜套扎术（RPH）等先进治疗方法系我省最早开展并最先进行推广，在全省同行业内竖立了标杆地位，对于内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿等临床常见病多发病方面更是积累了丰富的经验。我科在对肛管结直肠肿瘤的进行手术、化疗、放疗、介入治疗的同时，还充分发挥中医药优势，采用中药配合治疗，明显缩短了患者康复时间，减少并发症和后遗症的发生，临床疗效显著；对于大肠癌发病率高增长的现状，采用先进的无瘤保肛技术，大大提高了保肛的适应范围，提高了肿瘤患者术后的生存率及生活质量；对低位直肠癌患者进行根治术的同时行人工造口术后恢复；我科有专业造口护师进行术后专职护理、指导病人尽快适应造口术后的生活，对造口患者进行心理疏导并交流造口护理经验，深得患者及家属赞誉；我科同时开展了腹腔镜肿瘤手术技术，大大减少了创伤，减轻了痛苦，提高了疗效。我科在省内率先采用手术治疗各类型内科治疗无效的习惯性便秘，尤其对慢传输便秘的治疗取得了显著疗效。在对各种类型直肠脱垂，我科根据病情采取经会阴或经腹手术均取得了满意的疗效。随着我科肠镜下治疗技术的日臻成熟，以往需要住院开腹手术治疗的大肠息肉、腺瘤等，现在无需住院，仅需门诊肠镜下即可切除，既最大限度的减少患者的痛苦和创伤，也减轻了医疗费用的负担。我科每年平均收治来自全省及华东地区各类疑难病重病人一千余人次，平均治愈率在97%以上，获得患者一致认可，取得了良好的社会效益。