在近两次教学成果评选中，学校共获得国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果奖8项，其中一等奖3项；现有省级精品课程4门，省级教学改革试点课程4门，山东省普通高等学校实验教学示范中心个：“十五”以来，主参编教材05部，其中主编教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材3部，高等院校规划教材5部；学生在“挑战杯”科技竞赛活动中，共有24项作品90人次获得省级以上奖励。
学校设有山东省行为医学教育研究所等22个省级、厅（局）级、校级研究机构，其中山东省重点实验室3个：行为医学实验室、心血管疾病诊治实验室、职业卫生与环境医学实验室。近三年来，共承担厅局级以上科研课题43项，发表研究论文065篇；主编教材、出版著作50部；获市厅局级以上奖励293项。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，中华医学会行为医学分会主任委员和山东省行为医学会主任委员均由我校教授担任。学校主办的全国性核心期刊——《中国行为医学科学》和《济宁医学院学报》，面向国内外公开发行。
学校多次组团赴韩国、日本、英国、美国、加拿大、澳大利亚、瑞典和港澳台等国家和地区进行友好访问和学术交流，与澳大利亚南岸学院、美国俄亥俄州大学、瑞典卡罗林斯卡医学院等10余所国外高校和科研院所建立了合作关系。先后邀请30多名国际知名专家学者举办学术讲座，坚持每年聘请2－3名外国文教专家来校任教，对外交流与合作日益广泛和深入。
学校连续21年荣获山东省“省级文明单位”称号，还荣获“全国大学生社会实践活动先进单位”、“省级文明学校”、“省级文明校园”、“省级平安校园”“山东省大学生社会实践活动先进单位”、“山东省高校思想政治教育工作先进单位”、“山东省科技管理工作先进单位”、“山东省学生军训工作先进单位”、“山东省高校国防教育先进单位”等称号。
近年来，中央和山东省领导贺国强、张高丽、李建国、姜异康、吴爱英、韩寓群等同志到我校视察，对我校改革、发展和建设给予了充分肯定并寄予殷切希望。人民日报、中央电视台、中国教育报、健康报、大众日报、山东电视台等新闻媒体对我校人才培养和教学工作作了宣传报道。