赣南医学院坚持科研工作同教学相结合的方针，先后组建了高等教育、医学遗传学、皮肤病理学等3个研究室，建有药理学、眼科学、外科学、影像医学与核医学、医学生理学和病原生物学等省级重点学科。“十五”期间，陆续承担了国家和省自然科学基金、卫生部、省科委、省教育厅、省卫生厅等科研项目近100项、校级课题400余项，有10余项获省、市科技进步奖；出版学术专著50余部，发表学术论文1100余篇，其中诸多论文被SCI等收录。
赣南医学院编辑出版《赣南医学院学报》，并编入中国学术期刊光盘版和国际连续出版物统一刊号，向国内外公开发行；同时编辑出版校党委机关报《赣南医学院报》，编入国内连续出版物统一刊号，公开发行。
赣南医学院坚持依法治校，综合治理，不断优化育人环境，树立“文明、勤奋、求实、进取”的优良校风，各方面工作取得丰硕成果。1985年以来，学校先后荣获省、地、市三级绿化先进单位、园林化单位；1989～2003年连续8届荣获“江西省文明单位”称号；1993年荣获全国、全省城市计划生育先进单位称号。
赣南医学院为发展中的医学院校，面对新形势新任务，学校决心按照“十一五”规划确定的发展目标和工作任务，始终坚持和落实科学的发展观，坚持发展主题，调整结构、扩大规模，深化改革、创建特色，夯实基础、提高质量，为把学校建设成为规模适度、结构合理、专业面广、特色鲜明的医学院校而努力奋斗！