近五年来，共承担了各级科研课题 796 项，获省级以上科技进步奖 98 项，位居全区高校前列。在省级以上刊物发表论文 9000 多篇，其中国外杂志发表 100 多篇。目前我校儿科血红蛋白病研究达国际先进水平，肝癌防治、妇科肿瘤诊治、鼻咽癌综合治疗、心脏不停跳手术、肝脏移植、异体手移植、外周血造血干细胞移植、蛇毒等多项研究均处于国内先进水平。
学校与美国、英国、德国、澳大利亚、日本、韩国、丹麦、瑞典、新加坡、泰国、越南等国家和港澳台地区的有关院校保持密切的科研合作与学术交流。合作与交流专业包括基础医学、预防医学、临床医学、肿瘤学、口腔医学、护理学等学科 .
2002年，学校通过国家教育部本科教学工作水平评估，面貌焕然一新，教风、学风都上了新台阶。学校坚持以教学为中心，转变教育观念，深化教学改革和学校内部管理体制改革，提高教学质量，努力把广西医科大学建设成为学科齐全、教学手段先进、技术力量雄厚的现代化医科大学，为我国医学事业的发展做出新贡献。