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中国医科大学是中国共产党创建的第一所医科院校，也是我党我军创办最早的院校之一，其前身为中国工农红军军医学校和中国工农红军卫生学校，1931年创建于江西瑞金，后随红军长征到达陕北。1940年在延安，经毛泽东同志提议，中共中央批准，学校更名为中国医科大学。1946年7月，学校奉命随军挺进东北' 到达黑龙江兴山（现鹤岗）1948年11月，东北全境解放，学校奉命进驻沈阳，合并了原国立沈阳医学院（前身为满州医科大学，1911年由日本国南满铁道株式会社建立）和原私立辽宁医学院（前身为盛京医科大学，1882年由英国教会建立）。1948年，在东北建立的4个分校，其后分别成为哈尔滨医科大学、延边医学院、承德医学院。1952年，学校药学院独立建制为现沈阳药科大学。
中国医科大学在创建和发展过程中，倍受党中央和老一辈无产阶级革命家的重视和关怀。建校伊始，毛泽东同志为学校确立了“政治坚定，技术优良”的办学方针，朱德、叶剑英参加开学典礼并讲话。在延安时期，毛泽东、朱德、周恩来、叶剑英、王稼祥、贺龙、陈云、胡耀邦等中央领导多次到学校视察、做报告。1941年7月，毛泽东同志为学校第十四期毕业生题词“救死扶伤，实行革命的人道主义”，成为我校师生及全国医务工作者的座右铭。在中国医科大学建校十周年延安展览会上，毛泽东同志题词“办的很好”，朱德同志题词：“埋头苦干”。1950年3月，毛泽东、周恩来又一次到学校视察，勉励全校师生在社会主义建设时期继续办好人民的医科大学。1991年，邓小平同志亲自为《中国医科大学校史》一书题写书名，江泽民、李鹏、杨尚昆、陈云、李先念、彭真、邓颖超、李铁映等党和国家领导人为学校题词。2001年，李岚清、李贵鲜、吴阶平为学校题词。
建校至今，学校共培养52000多名高级医学专门人才，毕业生遍布全国及世界许多国家和地区，培养和造就了一大批国家卫生管理、医学教育界的著名领导干部和医学界的著名专家学者，据不完全统计，其中担任副部级以上职务百余位，卫生部正、副部长9位，将军40多位，中国科学院、中国工程院院士12位。
目前，中国医科大学已发展成为具有办学特色和国际影响的医科大学，在医学、药学、教育学、理学、工学、管理学等学科门类中已形成研究生教育与本科教育并重、兼有其他教育的多层次的人才培养体系，是国家高层次医学人才培养和医学科学研究与技术创新的重要基地，也是我国与日本、欧美等国进行国际医学教育、学术交流的重要窗口。
中国医科大学是卫生部原部属的10所高等学校之一，2000年3月全国高等学校管理体制改革， 学校由卫生部划转为省部共建、以辽宁省管理为主。