新疆医科大学坐落于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市风景秀丽的鲤鱼山下，其前身新疆医学院始建于1954年，1956年建成招生，为前苏联援助我国“一。五”计划中156个重点项目之一。1998年经国家教育部批准由原新疆医学院与原新疆中医学院合并成立新疆医科大学，江泽民同志亲自为我校题写了校名。学校自成立以来始终受到党中央、国务院、自治区党委、人民政府和国内外同仁的关注。经过近50年的建设，学校现已发展成为一所以少数民族人才培养为特色的教学研究型综合性高等医学院校，陆续为社会培养了5万余名各级各类医学专门人才。
学校现设15所学院（含5所附属医院即5所临床医学院），2部、5系。学校拥有医学、管理学和语言学三大学科门类，有1个七年制临床医学研究生教育专业、25个本科专业和专业方向、17个专科专业和专业方向；拥有博士后流动站3个、博士学位点4个、一级学科硕士学位授权点5个，二级学科硕士学位点48个；自治区重点学科5个、自治区重点实验室3个，自治区级研究所（室）10个。3所非隶属关系临床医学院，16所非隶属关系教学医院和40余所实习医院分布在全疆各地。同时我校是全国临床医学博士专业学位、临床医学硕士专业学位、公共卫生硕士专业学位（MPH）、口腔医学硕士专业学位授予权单位，全国在职人员申请硕士学位培养单位，高校教师在职攻读硕士学位培养单位，具有硕士生导师、博士生导师审批权和教师系列副教授、卫生系列主任医师专业技术职务评审权。
学校现有教职工6252人，其中专业技术人员4701人，具有高级专业技术职务人员947人。有50多名专家享受国家政府特殊津贴和获自治区有突出贡献优秀专家称号。具有在岗博士生导师38名、硕士生导师287名，在自治区各高校中，博导总数位居前列。目前学校共有各类在校生12396人' 其中博士研究生119人，硕士研究生1080人，七年制临床医学研究生教育专业学生434人，普通本科生4455人，专科生932人'留学生313人。在自治区各高校中，在校博士、硕士研究生总数居第二位。
自98年以来，我校科研工作一直保持良好的发展态势，承担自然科学研究项目233项，其中国家级项目39项，省部级项目100项，其中2005年获得国家自然科学基金项目16项，位居新疆各高校首位。有50余项科研成果获得各级奖励。学校通过与美、英、法、日、俄、哈萨克斯坦等十多个国家以及国内30余所大学或科研机构建立长期的合作关系，提高了我校在国内、国际上的知名度和扩大了我校在周边国家的影响力。学校占地131万平方米，建筑面积34.6万平方米，教学仪器设备总值5935万元。5所附属医院总床位数4662张，年门诊量达183万人次，年住院8万多人次，年手术量达到23，000台。今后我校的办学目标是：整体水平在同类医学院校中居于国内先进、西北一流，并在周边国家具有较大影响的医科大学。