首先，是1999年颁布的《执业医师法》带来的对住院医师规范化培训的法律难题。从法律角度而言该法规范了医师管理制度，明确提出建立我国医师资格考试制度和医师执业注册制度，即医师准入制度，对于我国的执业医师规范化发展具有里程碑的意义。然而，该法中规定：“未经医师注册取得执业证书，不得从事医师执业活动”。即医学生在获得医学学士学位后，必须在临床工作一年才能够参加国家统一举行的执业医师资格考试，获执业医师资格后才有临床处方权。由于没有处方权，不可独立处置病人和进行手术，这导致临床医学专业学生的临床训练难以进行。而这事实上使得临床医学生在医院的实习陷入了法律困境，而这种情况使得医学生在实习中要么学不到有用的技术，要么使得带教医师陷入违法的境地。
其次，按照1993年《住院医师规范化培训试行办法》的相关规定，住院医师培训的对象是医学本科毕业生。这种规定在当时大学生稀缺的情况下是合适之举，然而随着我国教育产业化和对外开放的加深，医学硕士和医学博士大量增加，因此这种规定显然与多元化的医学教育体系不相适应。而1995年颁布的《临床住院医师规范化培训大纲》要求实行的是五年一贯制培训，即前三年住院医师培训后二年专科医师培训，但是各学科统一培训年限不符合学科的要求。尤其是随着国内医学技术和医学专业学科的发展，已经出现了僵化的问题。另外，由于建立住院医师规范化培训制度的尝试是以行政命令和较低位阶的行政法律规范推动，具有试验性的特点，并没有在全国范围内建立统一的标准，价值规范化培训的经费和人事上的管理差异和不明晰，以及市场化改革下医院的利益化倾向，使得住院医师规范化培训呈现出地域化、保护化和形式化的状态。而且由于没有建立起有效的统一考核标准和制度，使得考核制度基本形同虚设以及经费浪费等等。
再次，在1999年生部基于当时的社会特点和国情构建全科医生制度，颁发了《全科医师规范化培训试行办法》，按照里面的规定，住院医师规范化培训和全科医师规范化培训在实践中处于分列状态。而2005年卫生部成立毕业后医学教育委员会后提出了逐步建立专科医师培训制度，于2006年下发了《卫生部专科医师暂行规定(征求意见稿)》、《卫生部专科医师培训基地认定管理办法(供试点基地使用)》和《卫生部专科医师培养标准总则(供试点基地使用)》等档推行专科医师规范化培训制度，由于各类医师培训规范化培训处于创立和构建阶段，因此在衔接上存在问题并且出现了重复的制度管理领域，加之专科医师规范化培训存在的制度问题，使得广泛意义上的医师规范化培训的发展进入缓速期。