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《南京医科大学学报》本刊接受全国各医药高等院校及医院教学、医疗、科研人员在基础医学、临床医学、预防医学方面的论著、科研简报、技术方法、经验交流、短篇报道、病例报告等。凡国家、省基金资助项目或获奖成果论文，经审稿通过后将优先发表。本刊以促进校内外的学术交流为宗旨，为提高我校的教学、科研水平和人才培养服务，为科教兴国、科教兴省的战略决策服务。
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生物学文摘、中国生物学文摘、中国药学文摘、中国医学文摘、中国核心期刊(遴选)数据库收录
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)
中文核心期刊(2004)、中文核心期刊(2000)
(2)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：0.457;总被引频次：1825
截止2014年知网：复合影响因子：0.396;综合影响因子：0.322
7、期刊荣誉：
中科双效期刊
Caj-cd规范获奖期刊
南京医科大学学报杂志主要栏目：
论著、短篇论著、护理园地、病例报告
南京医科大学学报杂志社已发表论文目录：
1、手术整复眼眶爆裂性骨折的疗效观察邵庆;龚琦;刘虎
2、小鼠棕色脂肪原代培养模型的建立刘娟;王龙;胡淼;丁国宪
3、外向钾电流在谷氨酸引起的神经元损伤中的作用蒋雷;王军;张劲松
4、糜烂性食管炎相关危险因素分析朱一丹;苏菡;赵君宁;王惠