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该刊被以下数据库收录：
《上海医学》杂志不断发展壮大，现已经成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网、万方数据库收录
CA 化学文摘(美)(2011)、JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)(2013)
CSCD 中国科学引文数据库来源期刊（2013-2014年度）（含扩展版）收录
2、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）
3、核心期刊：
(1)《上海医学》连续六版列入北大中文核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)
中文核心期刊(2000)、中文核心期刊(1996)、中文核心期刊(1992)
(2)国家自然科学核心期刊
(3)综合性医药卫生类核心期刊
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、图书馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
上海医学杂志社已发表论文目录：
右美托咪定复合丙泊酚在小儿无痛结肠镜检查中的应用姜山;刘欣;向强
肾细胞癌的表观遗传学研究进展罗俊;郑军华
小儿围术期液体治疗的进展和争论许文妍;张马忠
肺部感染诊治过程中的常见误区徐金富;瞿介明
右美托咪定在困难气道盲探气管插管中的应用胡蓉;姜虹;朱也森
中国腹腔镜下结直肠手术关键技术的建立与规范化推广郑民华
改善全球肾脏病预后组织临床实践指南的意义和挑战李晓;陈楠
灾难医学、急诊医学和人道医学的概念赵中辛
麻醉后恢复室患者的疼痛问题赵延华;王祥瑞;
肿瘤新生血管抑制在前列腺癌治疗中的研究进展郑军华;顾闻宇;杨斌
肝功能不全患者的术前评估杨立群;俞卫锋
直接介入干预时代急性心肌梗死合并心脏破裂的诊治策略于萍;刘学波
外周血炎性因子变化与术后认知功能障碍的关系施丽燕;徐静;万燕杰
非酒精性脂肪性肝病防治进展——上海市5年回顾贾伟平
加强心血管手术麻醉的临床研究王祥瑞;陈杰