肾内科：江苏省中医院肾内科创建于1954年，是全国成立最早的中医肾病医疗小组，时由著名中医肾病专家邹云翔教授任学科带头人。现门诊设立了腹膜透析、慢性肾炎、尿路感染、慢性肾衰等专病门诊，病区设立床位86张，病房内设有腹透治疗室、高位灌肠治疗室、药浴治疗室及危重症抢救室，拥有全自动腹膜透析机1台、高位结肠灌注机1台、蒸汽汽疗机1台、激光离子导入治疗仪1台；拥有血液透析机30台，CRRT机1台；拥有独立的对外开放型国家三级分子生物学实验室，占地100M2，配备大型精密仪器10余台，极大的增强了学科科研力量和临床工作的服务能力。
神经内科：现为江苏省中管局重点学科建设单位，国家药物临床研究基地神经科专业科室医学教育网整理，南京中医药大学神经病学硕士研究生培养点。脑功能检查室、神经病学研究室、高压氧治疗中心等辅助科室。中心以脑血管病（脑梗死，脑出血，脑动脉硬化等），神经变性病（痴呆，震颤麻痹，运动神经元病等）和失眠为主攻方向，病种涵盖所有神经系统疾病和神经心理疾病。此外，本中心承担了“国家自然科学基金”，“863”，“115”及省中管局，省社科委课题多项，获市以上科技奖二项。研发新药二个。发表学术文章百余篇，编写专著和教材10余部，培养南京中医药大学专科硕士研究生十余名。近几年来，随着神经内科专业人才的不断引进和神经内科诊疗新技术（尤其是急性脑梗死超早期动脉溶栓术，颅内血管狭窄支夹植入和成型术等）全面开展，专业技术水平得到进一步的提高。
风湿病科：江苏省中医院风湿病科开始创建于1990年，是省内建科最早的医院之一。经过近20年几代人的努力，现核定床位19张，平均实际开放床位24张，年出院病人近400人次，年门诊约3万人次，年业务收入近1千万元。共有门诊诊室3间，主要治疗类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、干燥综合征、强直性脊柱炎、痛风性关节炎、骨关节炎、多发性肌炎、血管炎等风湿免疫病。该科还率先在省内开展了双重血浆置换术、免疫吸附术治疗急、重症免疫性疾病，取得较好疗效。为突出中医治疗特色，我科还开展了中药熏蒸和微波治疗骨与关节病变，受到病人的欢迎。
内分泌科：江苏省中医院内分泌科是国家中医药管理局重点学科建设单位、国家药品监督管理局中药GCP临床试验机构。运用中医及中西医结合治疗内分泌疾病疗效显著。如糖尿病及其并发症（糖尿病足、视网膜病变、肾病、神经病变等），甲状腺疾病（甲亢、甲减、甲状腺结节肿瘤等）、痛风、骨质疏松症以及其它代谢性疾病。尤其在糖尿病肾病、桥本氏甲状腺炎的中药干预、甲状腺结节中药介入注射方面，中医、中西医结合疗效达到了省内、国内领先水平。