湖北医药学院于1993年成立研究生工作处。1995年，经湖北省学位委员会批准，湖北医药学院与原湖北医科大学（现武汉大学医学部）联合招收培养硕士研究生，2004年，与华中科技大学同济医学院联合招收培养硕士研究生；2008年开始与武汉大学药学院联合培养药学硕士；2010年始与中南财经政法大学联合培养管理学硕士；同年，医学|教育网搜集整理与辽宁医学院联合培养护理学专业硕士研究生，并在内科学、外科学开始联合培养博士生研究生。
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