《第三军医大学学报》为国内外公开发行的综合性医药卫生类学术期刊，被国内各大检索系统和《美国化学文摘》(CA)、《俄罗斯文摘杂志》(PЖ)、《波兰哥白尼索引(IC)》等国际知名检索系统收录，两度被评为国家期刊奖百种重点期刊，为中国科技论文统计源期刊、中国自然科学类核心期刊和中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录期刊。主要刊载国内外医学领域（军事医学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、检验医学、生物医学工程等）所取得的新理论、新成果、新经验、新技术、新方法。主要栏目有：专家述评、专题报道、论著、技术方法、研究快报、短篇论著、经验交流、疑难病例、个案与短篇和学术之窗等。读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学机构人员和高等医药院校师生。
1 本刊栏目
1.1 论著
报道原创性的研究成果。要求数据完整、可靠，结论明确，。正文前要有300字左右的中文摘要，3～6条中文关键词，中图分类号，与中文对应的英文题目、摘要和关键词。
1.2 专家述评
主要为编辑部约稿。结合作者本人或研究组的长期工作成果，对某一专题进行系统、详尽的阐述，评论研究现状，着重于尚未解决的问题，分析未来发展方向，提出今后研究工作的思路。其余同“1.1”。
1.3 短篇论著
报道有创新性成果。一般全文不超过4000字，按学报终稿格式排版后篇幅不超过2页。正文前要有300字左右的中文摘要，3～6条中文关键词，中图分类号。无英文文题、英文摘要等。其余同“1.1”。
1.4 技术方法
报道有参考和借鉴价值的技术方法，尤其要求所报道的材料、方法、步骤详尽，具有可重复操作性。一般全文不超过4 000字，按学报终稿格式排版后篇幅不超过2页。正文前要有300字左右的中文摘要，3～6条中文关键词，中图分类号。无英文文题、英文摘要等。其余同“1.1”。
1.5 经验交流
报道研究工作的重要发现和体会。一般全文不超过3000字，按学报终稿格式排版后篇幅不超过2页。无中英文摘要。文末保留3～6条中文关键词，中图分类号。其余同“1.1”。
1.6 个案与短篇
报道研究工作的重要发现和体会，尤其欢迎疑难病例报道、误诊误治分析等类稿件。一般全文不超过2 000字，按学报终稿格式排版后篇幅不超过1页。无中英文摘要。文末保留3～6条中文关键词，中图分类号。
1.7 学术之窗
报道我校建设所取得的重要成就，主要包括学术会议纪要、学术人物、项目研究重大进展、重要科技奖励、重大研究成果等。