北京中医药大学东直门医院有国家中医药管理局急症中心、中医脑病重点专科、肾病重点专科、骨科重点专科、消化重点专科、周围血管病重点专科、肛肠病重点专科。中医肾病、中医急诊、中医周围血管病是北京市中医特色诊疗中心建设单位。
口腔科
北京中医药大学东直门医院口腔科成立于60年代，是一个专业性很强的科室。科内医护人员多毕业于全国著名的医学院校。他们不但有扎实的专业理论基础，而且有丰富的临床经验。口腔科共有副主任医以上职称人员4名，主治医师4名，住院医师3名。口腔科有进口综合治疗台13台，另外还有铸造机、烤瓷炉、高压蒸汽消毒锅，喷沙机等专用仪器多台，是一个具有相当实力的科室。
口腔科分为口腔内科，口腔外科，口腔修复，口腔正畸，口腔中医粘膜五个诊室，设有一个设备先进的技工室和一个专业的X光室。
口腔内科主要进行牙体、牙髓疾病（补牙）、牙周疾病的治疗。
口腔外科可行口腔颌面部手术，拔牙,治疗外伤、肿瘤、颞颌关节疾病。
口腔修复科可制作各种疑难、复杂义齿，并且开展铸造、烤瓷、即刻义齿、预成冠等进技术修复缺失牙（镶牙）。
口腔正畸科可对多种牙列不齐，牙颌畸形进行矫正治疗。多年来治疗患者上千人，取得了丰富的经验和满意的疗效。
口腔中医粘膜科作为一所以中医为主的医院口腔科的一部分，积极响应国家大力发展中医药事业的号召，经过十几年的潜心研究，运用中医中药治疗各种口腔粘膜病、牙周病，及研究治疗与口腔相关的各种疑难杂病，特别是在治疗干燥综合征、白塞氏综合征、扁平苔藓等疾病方面，取得了可喜的进展，形成了以中西医结合的医疗特色。
口腔科专业X光室引进先进的数字化处理系统，立拍立显，大大缩短等片时间，片子更加清晰，患者受射线量少，并且可以在片子上进行测量、放大等处理，更有利于医生对患牙进行诊断和治疗。
随着科学技术的不断发展，口腔科本着更好的为患者服务的精神，投入大量的资金，引进先进的技术和设备，如口腔内窥镜等，并应用更好的药品和材料进行治疗和修复，如使用进口碧兰麻和碧兰根充糊剂，大大减轻了患者治疗时的疼痛和治疗后的反应，受到了广大患者的欢迎，医'学教育网l整理同时，口腔科还开展了许多新项目，如牙齿美容、全瓷修复、纯钛金属修复、贵金属合金义齿，满足了不同层次患者的需要。
眼科
眼科现有医生9名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院病床8张，是一个集中医、西医、中西医结合于一体的临床科室，组建于1958年。该科技术力量雄厚，拥有先进的医疗仪器设备，如进口裂隙灯显微镜、手术显微镜、电脑验光仪、电脑视野仪、AB超声仪、眼底荧光造影仪、激光治疗仪等。能根据病情开展中医、中西医结合及西医手术治疗。同时又是集医疗、教学、科研于一体的科室。医疗服务适应于多层次、多病种、多手段的要求和需要，以满足各界患者。教学任务主要承担中医药大学本科生、留学生、研究生及函大学生的眼科临床教学任务。