中医内科学教育部重点实验室积极参加了国家科技部九五、十五、十一五计划中的973和863科学研究、主持承担了国家自然科学基金科研课题；获得国家科技进步二等奖1项，教育部科技进步一等奖3项，中华中医药学会科学技术一等奖1项；新药转让2项，获专利1项。2002～2006年我院在国内各级医学专业杂志上发表论文共1489篇，其中教学类论文37篇，在国际学术期刊发表论文43篇，被SCI收录的33篇，出版各类著作110部。科研为医疗和教学奠定了坚实的基础。医院走上了科学管理的道路，采用了信息管理系统，使各种数据的提取更便捷、更科学。
回顾过去，医院从小到大，成绩辉煌。展望未来，在改革开放的大道上，前途似锦。“患者至上，服务第一”是医院的办院宗旨，东直门医院全体员工，将以饱满的精神、奋发的姿态，发扬“博精、诚信、创新、发展”的医院精神，对每一位前来就诊的患者或寻医问药的顾客，提供真诚的、优质的、满意的服务!