论文主题词选择 当论文标引概念确立以后，接下来便是选择主题词。选择主题词主要是为正确表达主题概念。一篇论文的情报内容，是否能选用一些恰当的主题词来准确全面地表达出来，这也是保证达到较高利用率的重要条件之一，而哪些语词是主题词，哪些语词不是主题词，哪一概念用哪一主题词（或哪几个主题词的组配）来表达，必须有非常明确的规定，不致造成混乱，使主题词系统保持较高的检索效率。这就要求使用主题词表，主题词表对主题词做了严格的规定。医'学教育网|整理也就是讲，标引用词必须是词表中的正式主题词，并且书写形式应与词表中的表达形式完全一致；标引用词必须首先选用词表中最切合文献主题的专指词标引，一般不得选用其上位词或下位词标引。当词表中没有专指度相等的主题词时，则选用2个（有时也可能用3个）最直接的上位词或近义词、最相关的主题词标引。当用上位主题词或近义词标引也不合适时，可用一个自然语词附于上位主题词后作限定，或增补新词。
论文主题词的组配 在采用文献主题词法的文献标引过程中，绝大部分的主题都需使用组配方法来表达。组配是用两个或两个以上主题词组合起来表达一个文献主题，用主题词组 配的方法来表达文献主题，可以控制词汇量，用少量有计划的选定主题词即能表达大量的文献主题概念，但如组配不当，会造成误差，降低论文的使用效率，因此，归纳医学文献最常用的难度较大的组配标引模式有以下几种：①当A疾病引起B疾病，A疾病之后组配/并发症，B疾病之后组配/病因学，并且致病因素常作为主要标引。组配模式：A疾病/并发症 ，B疾病/病因学。②当A疾病与B疾病同时存在，但并未指明相互间因果关系时，A、B 两疾病之后都与/并发症组配。组配模式：A疾病/并发症，B疾病/并发症。例：眼弓形体病并发沙眼，标引：沙眼/并发症。弓形体病，眼/并发症。③疾病状态下某器官组织及细胞的解剖结构，组配模式：疾病/病理学，器官（组织。细胞）/病理学。这里与/病理 学组配指的是与正常器官结构的不同，只阐明组织的不是疾病的同义语和代名词。④当实施某种治疗技术而产生的某种疾病时，组配模式：疾病/病因学，技术操作（物理作用剂）/ 副作用，例：剖腹产术引起膀胱阴道瘘，标引：膀胱阴道瘘/病因学；剖腹产/副作用。⑤ 某种疾病情况下从某器官分离出某种病原体组配模式：疾病/微生物学，器官/微生物学， 病原体/分离与提纯。⑥某种疾病情况下，某器官对某药或化学物质的代谢：组配模式：疾 病/代谢，器官/代谢，药物或化学物质/代谢，如甲状腺疾病病人肾的晚碘化作用，标引：甲状腺疾病/代谢，肾/代谢，碘/代谢，也就是说凡文章篇名中出现的结合、破坏、裂 变 、转变、降解、掺入、组合、调动、释放、储存传输、转化、利用、摄取、水解、氧化、去甲基化、脱羧化、烧化、酯化、羟化等字样均可标/代谢。⑦某疾病状态下某器官内某种化 学物质的定性或定量分析：组配模式：疾病/代谢、器官/化学、药物或化学物质/分析。如肾性高血压患者肾脏中钠含量的测定，标引：肾性高血压/代谢、肾/化学、钠/分析。