兰州大学基础医学院创建于1978年。初建时称医学基础部，1992年改称基础医学部，2001年6月成立基础医学院。原基础医学部有11个医学基础课教研室（人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、微生物与免疫学、病理解剖学、病理生理学、生物学与遗传学、寄生虫学、中医学、药理学），5个公共课教研室（数学、物理、化学、体育和外语教研室）；1992年学校决定将药理教研室划归到药学系，原属科研处的包虫病研究室归到基础部。基础部承担全校本、专科各专业学生前期医学基础课和公共基础课的教学任务；同时培养基础医学研究生和进修生，并从事基础医学科学研究，是一个多学科综合的基础教学和科研部门。我院坚持“以教学为中心，以学生为主体”的方针，把师资队伍的培养和建设作为职业道德建设的一项重点工作来抓，鼓励中青年教师继续深造和进修学习，使中青年教师中硕士、博士学历的比例比以前大为提高，加快了人才培养，稳定了师资队伍。
1997年1月和2000年7月分别组建了医学形态学实验室和人体解剖学实验室，并被省教育厅评估为省级合格实验室。医学形态学实验室承担生物与遗传学、组织胚胎学、病理解剖学、微生物学、免疫学和寄生虫学等课程的实验教学。人体解剖学实验室承担系统解剖学、局部解剖学、断层解剖学、口腔颌面局部解剖学、解剖生理学等实验教学。
2001年6月原兰医内部管理体制改革，把原基础医学部与原临床医学系合并成立基础医学院，把原外文教研室和体育教研室与基础部分离，分别成立原兰州医学院外文教学部和体育教学部；把原数学、物理、化学教研室与基础部分离，成立兰州医学院公共课教学部（2002年改称医学工程系）。2002年组建了医学机能学实验室和生物化学与分子生物学实验室，并于2002年12月被省教育厅评估为省级合格实验室。医学机能学实验室承担生理学、病理生理学、药理学、医学心理学、中医学五门课程的实验教学。
2004年11月18日，随原兰州医学院并入兰州大学。把原兰州医学院护理系、原兰州医学院影像学专业并入基础医学院，原基础医学院临床医学专业划归新成立的临床医学院，2005年3年9日成立兰州大学基础医学院。
目前，基础医学院仍是医学校区最大的教学、科研部门。现有本科专业五个（医学影像学、医学检验学、医学心理学、医学麻醉学、 护理学），硕士点八个（生理学、病理学与病理生理学、病原学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、中西医结合临床、免疫学、中西医结合基础），博士点一个（中西医结合临床）。现有教研室13个（人体解剖学、组织胚胎学、生物学与遗传学、生理学、生物化学与分子生物学、病原生物学、免疫学、病理解剖学、病理生理学、医学心理学、中医学、法医学）；实验室4个（医学机能学、医学形态学、人体解剖学、生物化学与分子生物学）；研究室4个（中西医结合研究所、基础医学研究所、包虫病研究室、医学心理学研究室）；中心3个（大学生心理健康教育中心、遗体捐献中心、司法医学鉴定中心）。有教职工166人，专职教师121人（其中教授18人，副教授26人，讲师38人，助教33人，未定6人），教辅31人，学生管理干部5人，办公室干部9人。专职教师中有博士（包括在读）28人，占23%；硕士（包括在读） 60人，占58 %；专职教师中研究生以上学历的比例达81%.35岁以下教师63名，其中具硕士以上学历（含在读）52名，占82%.各主要学科基本形成结构合理、水平较高的教学科研队伍。教职工中有中共党员89人，入党积极分子20余人。现有普通本专科学生831人，其中党员36人，入党积极分子400余人。