厦门大学医学院于1996年10月11日经国家教育部批准正式成立，是一所由厦门市人民政府和厦门大学联办、并得到海外华人、华侨资助的学院。医学院位于风光旖旎、风景秀丽，气候宜人的“海上花园”厦门市东南海湾，现任院长为教育部“长江学者”特聘教授刘祖国博士，党委书记为邵鹏飞同志。
医学院依托厦门大学学科门类齐全、师资力量雄厚的优势办学。学院现有教职工近200人，其中院士4人，教育部“长江学者”特聘教授1人，博士生导师10人，教授、副教授近70人，博士60余人。
学院设有五年制临床医学、预防医学、中医学等3个本科专业；
四年制药学、护理学等2个本科专业；三年制外科学、内科学、药物化学、药学、肿瘤学等5个专业硕士学位授予权。现有在校本科生1500余人，硕、博研究生100余人，在校留学生近200人，在籍海外函授生2000余人。
医学院下设基础医学部、临床医学系、预防医学系、药学系、中医学系、眼视光系、护理系、抗癌研究中心、基础医学实验教学中心、中医药研究中心和福建省实验教学示范中心等教学科研机构；拥有附属中山医院、附属东南医院、附属厦门眼科中心等3家三级甲等附属医院和30余家教学实习医院与基地。
近年来，医学院科研成果显著，承担国家“863”重大科研项目、国家自然科学基金、以及省、部级科研项目数十项，多项成果获省部级科技进步奖和国家发明专利，在SCI及国家、省部级重要刊物发表论文数百篇。
学院秉承厦门大学“自强不息，止于至善”的校训，以培养“厚基础、强能力、高水平”的综合性人才为办学目的，充分发挥厦门大学师资力量雄厚的优势，云集了赵玉芬、陈洪铎、张运、曾益新院士等一批国内外知名专家学者，学科梯队初具规模。学院教学科研仪器设备先进，设备固定资产总值达近亿万元，占地面积1000亩的医学院新校区正在紧锣密鼓的建设之中。
目前，医学院正按照厦门大学的办学要求，昂首阔步朝着“世界知名的高水平研究型大学”的奋斗目标迈进。