蚌埠医学院创建于1958年7月，由上海第二医学院和安徽医学院援建而成，是安徽省省属普通高等医学本科院校和国家首批具有学士和硕士学位授予权的单位。1968年8月，经安徽省革委会批准改称蚌埠反修医学院；1970年11月，安徽省革委会决定将安徽四所高等医学院校合并为安徽医学院，蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院；1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院。
学院原址位于安徽省蚌埠市治淮路801号，2005年9月新校区建成并投入使用。目前新老校区占地1098亩，总建筑面积达33万余平方米。新校区位于蚌埠市东郊美丽的龙子湖畔东海大道2600号，目前已投入使用的有科研中心、图文信息中心、理论教学楼、实验教学楼、学生公寓、研究生公寓、生活服务中心、党政办公楼及相关配套设施，另有综合文体馆等项目正在建设中。
学院积极适应社会需求，不断扩大办学规模，努力加强专业建设。各类在校生达14156名（其中本科生7207名、专科生3116名、研究生339名）。现有临床医学、医学检验学、护理学、医学影像学、药学、预防医学、生物科学、精神医学、营养学9个本科专业和6个相关专科专业；免疫学、病原生物学、药理学、病理学与病理生理学、临床检验诊断学、肿瘤学、内科学、外科学、儿科学等13个二级学科、34个学科专业招收硕士学位研究生。目前，我校正在开展营养师培训项目，具有培训资格证的教师2名，具有营养师考评员资格的教师2名，在校学生40名。
学院注重师资队伍建设。我校具有专任教师552名（教授37名、副教授138名、讲师216名；博士20名、硕士162名）。有跨世纪学术技术带头人后备人选、省教育厅拔尖人才13人，省高校中青年学科带头人培养对象14人，省高校中青年骨干教师38人，院学科带头人36人，院中青年骨干教师20人；全国优秀教师6人，省模范教师3人，省优秀教师8人；全国五一劳动奖章获得者1人；50人分别享受国务院、省政府特殊津贴。
学院始终坚持以教学为中心，注重教学研究和教学改革，重视课程建设，促进教学质量的提高。医'学教育网|整理现有2个省级教改示范专业，2个省级基础课实验教学示范中心，4个省级重点建设课程、9个省级精品课程和一批院级精品课程与优秀课程。学院重视临床教学基地的建设与管理，现有9所附属医院（含非直属）和一批临床教学实习基地。
学院重视学科建设与科研工作。拥有“感染与免疫安徽省重点实验室”、“组织移植安徽省重点实验室”2个省级重点实验室，6个省级重点学科，目前承担包括国家自然科学基金项目在内的省级以上在研课题163项，参与国家重点基础研究发展计划（973计划）课题2项，与世界卫生组织（WHO）、清华大学国家重点实验室等有多项合作课题；先后获得省部级以上科学技术奖百余项（其中一等奖3项）；每年在国内外发表学术论文数百篇，2006年近600篇；公开出版发行《蚌埠医学院学报》、《解剖与临床》、《实用全科医学》三种学术刊物。