学校设有9个系、部，3个二级学院，有中医骨伤科学、中西医结合临床2个博士学位授权点，中医学、中药学、中西医结合3个一级学科硕士学位授权点，18个二级学科硕士学位授权点；有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、医学影像学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、应用心理学等14个本科专业。现有全日制在校生8472人，其中研究生873人。
全校现有教职医护员工2462人（含直属附属单位），其中副高以上专业技术人员355人，博士生导师30人、硕士生导师282人；拥有一批国家级名老中医学术继承人指导老师、国家有突出贡献的中青年专家、福建省优秀专家、国务院津贴专家等，师资力量雄厚。2002年12月，学校在教育部组织的第一轮本科教学水平评估中获得“优秀”成绩。
学校建立了完善的学科体系。中医骨伤科学为国家中医药管理局重点学科，也是福建省“211工程”重点建设学科。此外，还有7个福建省重点学科，1个福建省重点扶持学科。2003年以来，作为福建省八所重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，重点建设了中医学、中西医结合、中药学等学科，带动护理学、心理学、情报学、管理学等学科的发展，取得了显著的成绩。
全校有2个研究院：福建省中医药研究院、福建中西医结合研究院；2个国家（局级）三级科研实验室，3个省级重点实验室；2个省级实验教学示范中心；1个国家食品药品监督管理局临床药理基地。学校开展的经络研究、中医骨伤科学基础研究、中西医结合老年病研究、中医证的研究、白内障基础与临床研究、中草药规范化种植与开发利用、中医药信息研究以及闽台中医药文化研究等项目居于全国先进行列。附属福州屏山制药厂是科研成果转化的重要基地。
学校有福建省人民医院、福建省第二人民医院以及福州市中西医结合医院、厦门市中医院、泉州市中医院、漳州市中医院、宁德市医院、三明市中西医结合医院等8所附属医院，临床基地实力雄厚，体系健全。福建省人民医院和福建省第二人民医院有7个国家中医药管理局局级重点专科、专病，12个省级重点专科、专病。校本部设立国医堂医院，为社会提供服务。
学校办学条件优越。旗山校区占地面积935亩，屏山校区占地面积161亩。基本建成的旗山校区建设配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施。图书馆文献总量达135万册，馆藏图书丰富，具备了新一代的网络存储架构“ＳＡＮ架构”，存储容量达到 30ＴＢ；校园网设备先进。
学校1998年、2000年、2002年、2006年四次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校园”荣誉称号。