西元1895年，日人在台北府城立台病院（此即台大院的前身），1896年6月改台北病院，1897年台北病院立所始招生授，1899年正式成立「台督府校」，1919年改制「台督府校」，1922年改「台北校」。
1928年台北帝大校，立之初未部，後以台北校基，在1936年成立台北帝大部，原台北校改台北帝大部。
1937年台北院（原台北病院）成台北帝大部附院。
1945年台光，政府接收台北帝大更名立台大，部改院，附院改院附院，部不再招生。
本院於光之初，除科外未其他系，1946年春，收容留日返台之生，曾成立修科，至1950年停。
嗣於42年度增系，44年度增牙系，45年度增理系及事技系，56年度事技系分事及物理治，59年度增健系分物理治及能治，同事技系物理治健系，61年度增公共生系，62年度起奉教育部令科更名系。
71年度增士後系，74年度士後系奉准停止招生。81年度健系撤，改物理治系及能治系。医'学教育网|整理82年度公共生院成立，公共生系改公共生院。本院有七系（其中系包括基及床共27科），其修年限，系、理系、事技系、物理治系及能治系等四年，後分授予士、理士之位；系七年制，其最後一年床，後授予士位；牙系六年制，後授予牙士位。
本院於光之初自日人接收研究所，未招生，嗣於1951年予以改另公共生研究所。36年度增生理研究所、病理研究所、核病研究所，其中核病研究所於38年度入理院化系。
51年度原有之生理研究所分生理研究所、理研究所及生化研究所。
54年度增微生物研究所。
56年度生化研究所及理研究所增博士班。
58年度增解剖研究所，病理研究所增博士班。
59年度增研究所。
67年度增床研究所，置博士班。
72年度研究所增博士班。
73年度增理研究所。
74年度公共生研究所增博士班，系增家庭科。
75年度微生物研究所及解剖研究所增博士班。
76年度增事技研究所。
77年度增牙科研究所。
78年度生理研究所增博士班。
79年度增毒理研究所。
81年度增分子研究所。
82年度增毒理研究所博士班及免疫研究所，系增急科，公共生研究所改公共生院。
87年度牙科研究所更名床牙研究所，85年度免疫研究所增博士班，85年度床研究所博士班增外科。
86年度理研究所增博士班，新成立口腔生物科研究所士班及物理治系士班。
87年度增工程研究所士班（工院合）。目前本院共有16研究所，其修年限，士班一至四年，博士班二至七年。
本院另於1987年成立雷射研究中心，於1990年成立物中心及工程研究中心，行相域之研究。