兰州大学基础医学院是医学校区最大的教学、科研部门，承担基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院等医学相关学院各专业的研究生、本科生、成人继续医学教育等各种层次、各种类型学生的全部医学基础课教学，是医学教育的重要基地和医学基础理论的研究中心，是一个多学科综合的教学、科研部门。
学院拥有甘肃省新药临床前研究重点实验室和甘肃省循证医学与临床转化重点实验室（培育基地），下设17个教学科研基层组织，1个办公室，还拥有5个科学研究中心。基层组织分别是人体解剖学与组织胚胎学研究所、遗传学研究所、生理与心理学研究所、医学生物化学与分子生物学研究所、病原生物学研究所、免疫学研究所、病理解剖学研究所、病理生理学研究所、中西医结合研究所、药理学研究所、循证医学研究所、外科手术学研究所、新药设计与合成研究所、神经科学研究所、护理系以及基础医学实验教学中心、医学实验中心等；科学研究中心分别是循证医学研究中心、结核病研究中心、遗传学研究中心、生殖健康与出生缺陷研究中心、生物医学纳米技术研究中心医学|教育网|搜集整理。