香港大学深圳医院的挂牌成立，是深港两地合作的又一创举，标志着深圳市医改工作再
次突破；深港双方将以合作共管医学|教育网|搜集整理、优势互补、共赢发展为原则，借鉴、引进国际一流的先进医院管理制度、服务理念和医疗技术，为深圳市民提供更优质的医疗资源和服务。深圳市政府与香港大学将共同努力把香港大学深圳医院建成国内一流、国际知名的现代化医院，为深港医疗合作开辟新局面，为深圳乃至全国公立医院管理体制改革提供有益经验。
香港大学深圳医院开业后，深圳市民前往该院就医，收费标准和就医流程与我市其他三级公立医院相同。香港大学深圳医院的收费也同我市其他公立医院一样，需要经过物价部门的审批。不过，境外人士在香港大学深圳医院就医，收费会比深圳市民贵一些。
医院将实行董事会领导下的院长负责制，设立董事会、医院管理团队和监事会，董事会负责行使医院重大事项决策权，医院管理团队负责运营管理。据悉，深港双方将以长期合作为目标，首期合作期限为10年。