第三军医大学新桥医院呼吸内科是国家级重点学科、中国人民解放军呼吸内科研究所、全军“重中之重”建设学科、重庆市高校重点学科、重庆市医学领先学科和重庆市人类疾病基因研究所；临床医学博士后流动站、呼吸内科博士学位授予点；国家药物临床试验机构呼吸专业。其实验室是中国人民解放军呼吸疾病基础研究重点实验室和重庆市重点实验室。
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