南京市中医院建于1956年，是南京市唯一的一所市级综合性中医医院，1995年被评为三级甲等中医医院，1996年成为南京中医药大学第三附属医院，承担着南京地区中医医疗、教学、科研任务。
全院占地面积20752平方米，建筑面积26047平方米，固定资产2155万元，医疗设备1020万元，万元以上设备110台件，设病床600张，年门诊量40多万人次，年收治住院病人4000余人次。
南京中医院设有临床科室25个，医技科室15个，开展41个专业，14个实验室，9个诊疗中心，并有多项省级特色项目。其中妇产科为江苏省重点学科，也是南京首家开展妇科产科微创手术的三甲医院。医'学教育网|整理是江苏科研先进单位，是“解放军医学院，江苏中医学院”等院校的实习基地，并多次受到南京市政府的嘉奖和鼓励，先后被授予"总后十佳先进集体"、"先进基层党组织"、"南京市医疗质控先进单位"、"全国百姓诚信示范医院"、"最具影响力品牌医院"、"省市医保定点单位"、"新农合定点单位"等多项荣誉称号。
医院技术力量雄厚，科室设置安全。全院753名职工中，卫生技术人员557名，高级职称71名，中级职称167名，初级职称319名，全国首批确定的500位名老中医药专家2名，省级名中医7名，省名中西医结合专家4名，市名中医7名。全院有68位专业人员被南京中医药大学兼聘教学职务，教授19名副教授16名，讲师43名，设临床一级科室19个，医技科室5个，其他业务科室12外。