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《南京中医药大学学报》全国有影响的综合性中医药学术刊物，1959年创刊，由南京中医药大学主办。本刊为中国中文核心期刊、中国科技论文统计源刊、中国科技引文数据库(CSCD)收录期刊、中国科技核心期刊、中国核心学术期刊、中国高校优秀科技期刊、华东地区优秀期刊、江苏省优秀期刊，被CA等国外权威文摘及检索系统收录。
该刊被以下数据库收录：
《南京中医药大学学报》不断发展壮大，现已成为国内外有一定地位的学术性刊物：
1、收录情况：
国家新闻出版总署收录、中国知网收录、维普期刊网收录、万方数据库收录、化学文摘收录
中国科学引文数据库收录、中国学术期刊(光盘版)数据库、中国核心期刊(遴选)数据库收录
2、核心期刊：
(1)北大核心期刊：
中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)
(2)CSCD 核心期刊(2013-2014年度)(含扩展版)
3、统计源期刊：
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)
4、数据：
DC数据、MARC数据
5、馆藏：
国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏
6、影响因子：
截止2014年万方：影响因子：0.937;总被引频次：1713
截止2014年知网：复合影响因子：0.903;综合影响因子：0.444
7、期刊荣誉：
江苏省优秀期刊
华东地区优秀期刊
Caj-cd规范获奖期刊
国际标准连续出版物
中国高校优秀科技期刊
8、偏重的研究方向：医药科学
9、审稿速度：平均1个月的审稿周期
南京中医药大学学报杂志主要栏目：
专家论坛、博士生导师访谈录、学术探讨、临床研究、方药研究、针灸推拿、医史文献、临证集萃
南京中医药大学学报杂志社已发表论文目录：
1、江苏孟河医家妇科学术思想探究袁晴;谈勇;
2、杭白芍炮制前后特征图谱比较研究唐抗;
3、小儿病毒性肺炎中医诊疗指南汪受传;陈争光;徐珊;
4、针灸治疗糖尿病周围神经病变时效关系的探讨董勤;
5、低位切开结合引流挂线治疗高位肛瘘55例钱海华;曾莉;