南京医科大学第二附属医院（南京医科大学附属儿童医院、江苏省第二红十字医院）是一所省属三级综合性医院，是南京医科大学临床教学基地，南京医科大学第二临床医学院亦设在该院。
医院占地面积 28520平方米，建筑面积52044平方米。现有编制床位500张，在编职工866人，其中卫技人员728人，占职工总数的85%，；高级职称122人、中级职称239人；博士21人、硕士70人；博士生导师2人、硕士生导师28人；享受国务院特殊津7人。医院年门诊量达38万人次，日均门诊1200人次，年出院人数约1万人次。拥有万元以上医疗设备477台（套），价值1.04亿元。
医院设有内科、外科、妇产科、儿科、肿瘤科、眼科、耳鼻咽喉科、皮肤科、中医科、口腔科、放疗科等 40个临床科室，设有检验科、放射科、物理诊断科、病理科、核医学科、中心实验室等20个医技科室。还设有儿科、内科、外科、妇产科、耳鼻咽喉科、中医科、儿童保健学科、放射科、眼科、皮肤科等十个教研室。
医院荟萃着许多知名医学专家，拥有一批学科带头人和骨干医师，其中一批年富力强的中青年专家被选定为省“ 135工程”及“333工程” 医学重点人才。儿童保健研究中心和江苏省妇幼保健中心为江苏省“135工程”重点学科共建单位；儿科和内分泌科为江苏省省级临床重点专科；小儿肾脏病的研究和治疗处于国内领先地位；内窥镜中心、神经内科、妇产科、生殖助孕中心、普外科、烧伤整形外科等均在省内外享有较高声誉。近年来医院共承担了国家、省厅级科研项目90多项；获得部、省、厅科技进步奖19项；编写专著及教材30余部。平均每年在国家、省级刊物发表论著200余篇；参加国际、全国及省级学术会议交流论文数十篇；医院还承担着南京医科大学各系的临床教学任务。
医院拥有一批较先进的医疗仪器设备，如 1.5T磁共振断层扫描仪（MRI）、同位素单光子发射计算机断层扫描仪（ECT）、科研型螺旋CT、全数字平板式心血管造影机（DSA）、医用直线加速器、数字化X线成像系统（DR）、锎252-中子后装治疗机、癫痫刀、激光碎石机、胶囊内镜系统、鼻窦内窥镜、宫腔镜、腹腔镜、肌电图、重症监护系统、CCU监护系统、床边X光机、9800数字减影造影机、高档彩超、二维超、彩色经颅多普勒血流仪、全自动洗片机、1250MAX光机、视频脑电图仪、血滤机、12导生理记录仪、电化学发光仪、全自动血球计数仪、C臂X光机、遥控X线透视机、全自动生化分析仪、尿自动分析仪、射频治疗仪、手术显微镜等。
建筑面积2.3万平方米，内设500张病床的现代化、智能化病房大楼已于2004年5月竣工启用。医院现在正在着力建设150车位的地下停车场和沿小桃园风光带的景观设计，门诊大楼也将进一步改造，届时将为来院就诊的患者提供更加优美的环境和更加方便、合理的诊疗流程。