石河子大学药学院现有药学、药学（临床药学方向）和中药学三个专业，共设硕士点七个，分别为：药理学、药剂学、药物分析、生药学、药物化学、微生物与生化药学、制药工程学硕士点医学教育|网搜集整理。目前，学院下设三个系：药学系、药理学系、中药学系；一个教学实验中心；一个教育部“新疆特种植物药资源重点实验室”。学院用于本科教学的标准化实验室14个，总面积约2000平方米，主要大型仪器设备总价值约1500万元；拥有石河子大学医学院一附院、兰州军区乌鲁木齐总医院、自治区药物研究所等10余所本科教学实习基地。
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