南京工业大学生物与制药工程学院（简称“生工学院”）是国家生化工程技术研究中心和江苏省工业生物技术创新中心的依托单位，是国家材料化学重点实验室和国家级生物化学工程实验教学示范中心的共建单位。拥有化学工程与技术博士后流动站；设有五个博士学位授权点、五个硕士学位授权点和三个工程领域工程硕士学位授权点。生物化工学科是国家重点学科；发酵工程是江苏省重点学科；工业生物技术与医药制造入选江苏高校优势学科建设工程项目。生物化工专业是江苏省品牌专业和国家级特色专业；制药工程专业是江苏省品牌专业和教育部首批“卓越工程师培育计划”试点专业；设有国际微生物能源研究所、医学教育|网搜集整理生物资源工程研究所、生物能源与生物环保工程研究所、生物医药工程研究所、生物物理与化学合成研究所等科研机构。学院低碳能源实验室和生物基材料实验室的工作受到了温家宝总理的视察和肯定。
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