南方医科大学药学院是学校移交广东省后新组建的学院，下设化学系、药物化学系、药剂学系、药物分析学系、微生物与生化药学系、药理学系、药物研究所、临床药理研究所、实验中心和抗病毒研究中心。医学教育|网搜集整理学院现有教师74名，其中67.6%具有博士学位，有教授10名，博士生导师8名，初步形成了一支年轻有为、朝气蓬勃的师资队伍。
学院为博士、硕士和学士三级学位授权点。其中，药理学专业为国家教育部1998年批准为博士学位授权单位并在2007年批准为国家级重点学科。药物化学、药剂学和药理学三个专业为硕士学位授权单位。同时还设有药学本科专业，从2003年开始招收药学本科生。多年来，已经培养出一大批以博士生、硕士生为代表的优秀人才。