《南通大学学报（医学版）》（原为《南通医学院学报》）系江苏省教育厅主管、南通大学主办的综合性医学学术类期刊。1981年正式创刊（CN32—1142/R），1984年首批加入中国高校自然科学学报“CUJA系统数据库”（E3.32250A），1988年加入国际连续出版物数据系统（ISSN1000—2057），1989年被国家科技论文研究课题组首批列为统计源期刊，1992年获国际刊名代码（CODEN NYIXEL）,同年被《中文核心期刊要目总览》（北京大学出版社，1992，183-200）列为全国综合性医药、卫生类重要期刊，并在全国第一届科技期刊评比中，荣获交通部优秀科技期刊奖；1996年首批加入《中国学术期刊（光盘版）》。1999年被列为“医学类核心期刊”，同时被评为江苏省优秀自然科学学报二等奖，2004年成为江苏省一级期刊。被《中国核心期刊（遴选）数据库》收录，荣获中国学术期刊光盘版编辑委员会授予的首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖，入选中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，《中国医学文摘》系列检索期刊论文摘录对象。
《南通大学学报（医学版）》主要刊载本校和附属医院、教学实习医院及其他医疗卫生单位的科研教学人员、医疗卫生工作者在基础医学、临床医学、预防医学、祖国医学以及航海医学等学科领域中的最新研究成果。