北京大学药学院应用药物研究所成立于1987年，直属北京大学药学院领导。
本所为新药开发的研究机构，下设有：有机药物、无机药物、天然药物、制剂、分析及药理毒理等研究室。以抗感染、抗肿瘤、治疗心脑血管及疑难疾病的中西药物研究，以及微量元素补剂和新的药物剂型为主要研究方向。现有教职工18人，高级职称10人，（博士后2人、硕士3人）占55%.应用药物研究所除担任部分本科生的教学外，主要从事新药的研究开发工作。
几年来，我们与全国各地大中型企业进行了广泛的合作，接受企业委托或共同合作的项目达数十个。我们自己立项并投资的新药项目30余个，已经取得的国家颁发的新药证书24个，并均已转让，产品在市场上流通，为疾病的防治做出了贡献，产生了积极的社会效益。现尚有一批新药正在申报临床，其中包括癫痫疗剂7903的原料的制剂，医|学教育网搜集整理中药5类CQ原料极其制剂等新药。
研究所先后获得省、部、市级优秀科技技术成果奖11项。