北京医药行业协会于2001年4月25日正式成立。北京医药行业协会是以北京地区医药、医疗器械、工商企业、科研、大专院校相关企业为会员，依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。到目前为止，已有会员二百余家，覆盖了北京医药行业主要的大中型工商企业。协会由北京市工业促进局管理，挂靠北京市药品监督管理局。
北京医药行业协会的指导思想是：以邓小平理论和江泽民同志“三个代表”的重要思想为指导，深入贯彻党的“十五大”提出的培育和发展社会中介组织的精神，按照建立社会主义市场经济体制的要求，加快改革调整和规范发展。并在实践中，积极探索适应社会主义市场经济要求的组织形式和工作方式，并在政府转变职能后，存在于政府与企业之间的桥梁与纽带，协助政府逐步实现从直接管理转向间接管理。