北京大学口腔医学院（简称“北大口腔”）始建于1941年，其前身为国立北京大学医学院附属医院的齿科诊疗室。几经变迁，奠定了北大口腔成为集医疗、教学、科研、预防保健为一体全面发展的大型口腔医院、口腔医学院和口腔医学研究机构，成为中国与国际口腔医学界的沟通桥梁。
北京大学口腔医学研究所成立于1978年，目前设有中心实验室1个、临床和基础研究实验室13个、以口腔常见疾病防治为主导的跨学科研究中心11个、实验动物室1个和1所口腔医学专业图书馆。医学领域第一家“口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室”、“国家级口腔医学国际联合研究中心”和作为国内十大国家级医疗器械质量监督检验中心之一的“口腔医疗器械检验中心”均设在我院。此外，医院还拥有国家卫生计生委工程技术研究中心、北京市重点实验室、北京市国际科技合作基地等省部级科技研发平台。2016年，获批“国家口腔医学临床研究中心”。